El Consejo Nacional de Educación está integrado por diez miembros. Un académico de reconocida trayectoria, designado por el Presidente de la República que cumple las funciones de Presidente. Dos profesionales de la educación que ejercen labores docentes en el ámbito municipal y particular, nombrados por el Presidente de la República a partir de ternas elaboradas por el Consejo de Alta Dirección Pública (ADP). Cuatro académicos de reconocido prestigio, propuestos por el Presidente de la República a partir de ternas elaboradas por el Consejo de ADP y ratificadas por el Senado. Un miembro designado por el Consejo de Rectores de las Universidades Chilenas, otro por los rectores de las universidades privadas autónomas acreditadas y un tercero designado por los institutos profesionales y los centros de formación técnica acreditados.
Sus miembros duran seis años en sus cargos y se renuevan por mitades cada tres, de acuerdo con el mecanismo de alternancia definido por el DFL N°2 del Ministerio de Educación.